A Midgar, immense cité contrôlée par la méga-entreprise Shinra Inc., un groupe rebelle appelé "Avalanche" a détruit le réacteur Mako numéro 1.

"Avalanche" a été créé dans le but de mettre fin aux activités malsaines de la Shinra qui épuise les ressources naturelles de la Planète en absorbant l'énergie Mako au moyen de puissant réacteur. La Shinra est protégée par une force armée d'élite, le "Soldat".

Le héros, Clad, ancien membre du Soldat a rejoint "Avalanche" et, avec ses amis, ils décident de mener le combat contre la Shinra. Mais ce qui n'était au départ qu'une rébellion va se transformer en une aventure extraordinaire dépassant parfois les limites de la réalité ...